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摘要 : 中国科学院微生物研究所于日由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。是我国微生物学研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构。现有在职职工人数290余人。
微生物研究所于日由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。是我国微生物学研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构。现有在职职工人数290余人。
中国科学院微生物研究所于日由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。40多年来，研究所已发展成为我国微生物学研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构。以微生物所第一任所长戴芳澜院士以及邓叔群院士、阎逊初院士为代表的老一辈科学家，是我国真菌学、放线菌分类学的创始人和奠基人，他们的研究成果和经典著作至今仍在微生物学界具有很高的权威性;以方心芳院士为代表的老一辈工业微生物学家为我国产业作出了奠基性贡献。多年来，我所科学家在植物病毒、医学与动物病毒以及免疫学研究方面在国际国内做出了自己的特色，颇有造诣。
根据中科院创新试点工程的要求和微生物所的长远发展目标，确定了以微生物资源、工业与应用微生物、病原微生物与生物安全及免疫为主要研究领域，旨在建立从资源开发、技术创新到成果转化的研发体系，努力为提升我国微创新发展能力做出基础性、战略性和前瞻性贡献。
目前研究所拥有微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室(与遗传与研究 所共建)和中国科学院真菌、地衣系统学重点实验室;设有微生物资源、能源与工业生物技术、微生物基因组研究、环境生物技术、微生物代谢工程、分子病毒和分子免疫等研究中心和一个为科研服务的技术与信息中心。拥有亚洲最大的具有40万号标本的菌物标本馆和一个国内最大的具有 17000多株菌种的微生物菌种保藏中心，是世界知识产权组织批准的布达佩斯条约国际保藏单位。同时还有一个藏书6万余册的专业性图书馆。
40多年来，研究所共获省部级以上科技奖170项，其中国家奖29项。发表论文3000余篇，其中SCI论文250余篇，包括国际顶级学术杂志《Cell》和《》等，出版专著100余部;申请专利100多项，授权62项。
90年代世界上第一篇“系统遗传学(system s)”概念与术语和世界上第一篇转基因禽类输卵管生物反应器(oviduct bioreactor)论文。中国最早引进质粒、DNA合成与测序仪、mRNA差异显示仪的生物技术实验室，参与组织96年第一届国际转基因动物学术研讨会引入系统论方法的生物技术研究，也是90年代国际上最早论述生物系统论和实验、计算与工程方法整合的生物系统、人工生物系统研究 - 现代系统生物学概念的实验室，国际系统生物学、合成生物学兴起于21世纪初。
在微生物研究所挂靠的单位有中国会、中国菌物学会、中国生物工程学会。微生物所和上述有关学会编辑出版的学术刊物有《微生物学报》 、 《微生物学通报》 、 《菌物学报》及《生物工程学报》 。
分子病毒研究中心
分子病毒研究中心主要从事人与动物重要病毒、尤其是突发与新生病毒或动物源性病毒的分子进化、致病性、跨物种传播以及抗病毒药物等方面的研究。 具体研究方向分为：
(1)乙型肝炎T-细胞分子免疫及囊膜病毒融合机制和融合抑制剂的研究。(2)禽流感病毒的感染机理及基质蛋白M1与人类宿主蛋白之间相互作用的研究;
(3)猪流感病毒、鸡传染性支气管炎病毒、鸡传染性法氏囊病毒等几种主要畜禽病毒病原的分子进化研究平台的建立;
(4)抗病毒药物的研究，包括猫&干扰素及其它宠物干扰素的开发和改造以及新型纳米抗体等多种新型抗病毒药物的研究;
(5)基因治疗药物的研发。
分子病毒研究中心在研项目共20项，其中国家973项目6项、国家攻关项目4项、国家自然科学基金项目1项、横向合作5项，国际合作4项。
年期间，于国内外学术刊物发表论文共38篇，其中SCI论文35篇。申请专利14项，授权1项。
微生物资源研究中心
中科院微生物所微生物资源中心是由"微生物资源前期开发国家重点实验室"、" 中科院真菌地衣系统学开放实验室"和"微生物菌种保藏中心"三部分组成。在系统调查、收集和保藏不同环境微生物(包括细菌、古菌和菌物)及其基因资源的基础上，开展微生物多样性、系统发育学、群落结构以及模式微生物基础生物学的研究;筛选具有应用前景的微生物功能及产物，促进微生物资源在工业、农业、医药、能源和环境等领域的应用。 主要研究方向为：(1)细菌、放线菌、极端微生物和菌物物种资源的研究;(2)微生物来源的生物活性物质的研究;(3)菌物物种和基因资源储备的研究(4)微生物资源数据库及网络系统的建立。微生物资源心承担多个与微生物资源研究有关的国家自然科学基金重大、重点及面上项目，数项国家"863"项目、国家攻关、国家重点项目，数项中科院重大、重点项目。发表微生物新种300多个，新属30多个，编写《中国真菌志和地衣志》10卷、《常见细菌系统鉴定手册》，并分别于1980年、1987年和1997年出版了第一、第二和第三版菌种目录，还分别于1982年和1992年参加了第一和第二版中国菌种目录的出版工作，第四版菌种目录将于2002年下半年出版发行。还获得多项国家科技进步奖、国家技术发明奖，中科院发明奖、中科院科技进步奖，及其它各类奖多项。
能源与工业生物技术研究中心
开展工业微生物细胞与分子的功能优化与改造研究、微生物发酵及其下游工艺研究，利用生物质可再生资源，开发生物能源、生物材料以及生物基化学品，进行新型生物催化剂的开发与利用。
微生物资源前期开发国家重点实验室
实验室简史：中国科学院微生物研究所于1989年3月正式向中国科学院和国家计委申请利用世界银行贷款建立微生物资源国家重点实验室，同年6月获得批准。1991年12月，实验室的建设工作正式启动;1993年12月，经专家组论证、中科院批准，实验室正式对外开放;1995年12月，实验室通过了国家计委验收;1998年3月中科院对实验室进行了评估，1999年7月实验室进入了中科院知识创新工程;2001年6月实验室通过了国家评估。
实验室研究方向与内容：微生物资源国家重点实验室的研究方向是：微生物资源的收集、评估和生物学基础研究以及微生物资源开发利用的前期研究。目前实验室主要在以下四个领域开展工作：(1)极端微生物资源的研究;(2)微生物来源生物活性物质的研究;(3)生物化工;(4)微生物资源数据库及网络系统的建立。
研究队伍：本研究室现有在职人员20名，其中研究员7人，助理研究员7人，初级职称6人。在读研究生共28人，其中博士生22人，硕士生6人。客座人员3人
研究成果：本年度该室在国内外核心刊物发表论文27篇，其中被SCI收录论文有7篇;参加编写专著4部;获省部级奖2项;技术转让3项;申请专利4项、批准专利3项。
网络信息中心 承担着中国科学院生物标本馆网络信息系统综合数据中心、中国生物多样性信息中心微生物学分中心、国际微生物菌种数据网络中国国家节点，致力于对微生物信息资源的收集、整理和网络共享，承担着国家科学数据共享工程、国家科学数字图书馆、院信息化专项等多项任务，已经建立了一系列微生物资源数据库和菌物数字标本馆，将生物信息学平台与微生物资源数据紧密结合，先后主持开发了中国微生物资源信息网、中国生物技术信息网、中国生物镜像网、中国生物网格(Bio-Grid)、禽流感信息网，网上可共享信息超过1TB，是我国微生物领域最大的门户网站。
研究所院士
戴芳澜院士：() 微生物研究所的创始人，著名的植物病理学家和真菌学家
主要履历及经历
戴芳澜教授)作为一位著名的真菌学家和植物病理学家是中国真菌学和植物病理学的创始人之一。他曾是第一,二,三届全国人民代表大会代表。自1956年起,他被选为中国科学院院士及特别研究教授,并于年担任微生物所所长。
1914年至1919年,戴教授在美国学习植物病理学和真菌学。回国后,他把自己的全身心贡献给真菌学和植物病理学的研究和教学工作。他为中国科学的这些分支学科的创建和发展上作出了巨大的贡献。在他的指导下,一代一代的真菌学家和植物病理学家成长了起来。戴教授在国内外发表了五十多篇科学论文。
1979年科学出版社出版了他的综述"SYLLOGEFUNGORUMSINICORUM"。该书对从事真菌学研究和真菌资源应用的科学工作者及具参考和实用价值。
创新文化建设
创新文化建设是知识创新工程的五大目标之一，是践行“三个代表”重要思想的具体体现，坚持科学发展观，坚持“依法办所，以德治所”。创新文化是研究所出成果、出人才的重要保证，是研究所可持续发展的根本保障。 创新文化是一种氛围，一种精神，通过回顾微生物所发展史，总结成功经验，进行案例剖析，以增强研究所的凝聚力，激发创造力，成立创新文化建设和所史办公室，其职责在于：在主页上开辟专栏，宣传在科技创新、人才培养、院地合作、创新文化建设进展和成绩。观念的创新、制度的规范和精神的力量是创新文化的源泉。坚持科学发展观，以人为本，以科学推动管理，以管理促进效益，积极营造健康向上、和谐舒适的人文环境，弘扬“艰苦奋斗，自强不息”的微生物所人精神，为顺利推动知识创新工程，全面提高研究所整体竞争实力提供有效保证。
黄力：常务副所长
刘松林：党委书记
刘双江：副所长
历届党委书记：
发展历程：
中国科学院于日宣告成立。它是以原中央研究院、北平研究院的部分研究机构为基础，汇集了当时中国最优秀的科技专家，是新中国最高的学术研究机构，随后各下属机构逐渐建立。从1954年起，中国科学院的高层领导和专家就开始酝酿组建微生物研究所事宜。日中科院生物学地学部向院常务会议提出“建立微生物研究所筹备委员会的意见”。院务会议同意成立筹备委员会，该委员会由戴芳澜、方心芳等12位科学家组成，戴芳澜任组长。 日陈毅副总理对相关报告批示：“拟予同意”，并送刘少奇、陈云和邓小平圈阅。日经院第11次院务会议通过并经科学技术委员会批准成立中国科学院微生物研究所。日中国科学院正式行文，组建微生物研究所。
日，微生物所迎来自己的50华诞。
在历史的长河中，50年只是短暂的一瞬，但对微生物所来说，是不平凡的50年，是艰苦奋斗的 50年，也是迈向辉煌的50年。在党中央的亲切关怀和科学院的领导下，微生物所科技人员无私奉献，团结合作，努力攀登，在跟踪中赶先进，在拼搏中谋发展，在探索中求创新。它经历了组建、发展、文革、改革开放和创新工程的不同发展阶段。在每一个不同的历史阶段，不管是一路顺风还是风雨兼程，都留下了广大科技人员艰苦奋斗的汗水和足迹，都展示出他们对科技事业的无比执著和热爱。
汇聚贤才 迈出创业坚实一步()
日中国科学院发文(院厅秘字第454号)，“兹经院第十一次院常务会议通过并经科学技术委员会批准应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立微生物研究所，由戴芳澜任所长，邓叔群、林一夫、方心芳任副所长。”
戴芳澜()，著名的真菌学家和植物病理学家、中国科学院院士，在真菌分类学、真菌形态学、真菌遗传学以及植物病理学等方面做出了突出的贡献。他的《中国真菌总汇》对推动我国真菌学研究和发展、真菌资源的利用和开发有着极其重要的意义。邓叔群()，我国著名真菌学家、植物病理学家和森林学家、中国科学院院士，在高等真菌分类学上卓有成就。他编写了我国最早的一部真菌学专著&&《中国高等真菌》，为我国高等真菌研究奠定了基础。方心芳()，应用微生物学家、中国科学院院士，我国现代工业微生物学开拓者、应用现代微生物学理论和方法研究传统发酵产品的先驱者之一，为我国传统发酵工业的建设和发展做出了重要贡献。
微生物所人就是在以他们为代表的老一辈科学家带领下，肩负着国家的希望和人民的重托，在“大跃进”的岁月中踏上了新的历史征程。
十年浩劫 苦守岗位期盼天明()
在文化大革命的十年中()，中国科技界在周恩来总理的亲切关怀和指导下，凭着科学家的敏感和良知，悄悄地关注和跟踪国际研究前沿，始终不忘攀登科学高峰，始终不忘为工农业生产服务，艰难地度过了那段动乱的岁月。
改革开放 探索新型运行模式()
日党中央一举粉碎了“四人帮”，持续了10年的文化大革命宣告结束 。我国的社主义革命和建设进入了一个崭新的历史时期，我国科学技术事业的发展和进步也翻开了新的一页。
务实创新 奋力开拓美好前程()
1998年6月国务院科教领导小组决定启动国家知识创新工程试点，中科院的知识创新工程试点(一期)也正式开始了。
一、 重点实验室率先进入知识创新工程试点
微生物所为尽早进入中国科学院知识创新工程，遵照院党组的战略部署，以凝练科技创新目标为导向，积极推进研究所的机制转变和结构调整：为优化学科，提高科技竞争力，进行了研究员A 、B岗位的分类设岗，对不适合发展的课题组进行调整，将原来的80个课题组减并为52个，调整和补充了知识化、年轻化的课题负责人;对管理部门进行整合，6个职能处室缩减到3个部门：综合办、科技处和行政资产处。管理人员实行竞争上岗，不能胜任岗位人员转岗分流等措施。根据创新工程需要，为改善科研条件和工作环境，购置大型科研仪器，尽力解决职工住房问题。经过这些准备，领导班子在所层面上全面深刻剖析过去基础、现在优势和未来发展的基础上制订了适合我所发展的宏伟蓝图，力争在5年内将微生物所建设成世界一流的微生物学科研机构和高技术研究与发展基地型研究所。
微生物所的三个重点实验室：微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌地衣开放实验室和中国科学院植物生物技术开放实验室，它们在成立之初已经集中了研究所优势学科和研究人员，财力物力和实验条件具有充分的保障，经过了专家的认证和主管部门领导批准，已经符合创新工程的要求，于1999年率先进入创新工程试点。
2001年1月，国务院审议通过了中国科学院“知识创新工程全面推进阶段(即知识创新工程二期)计划”。同年，8月15日院长办公会议正式通过我所创新工程试点工作方案，以方荣祥为所长的新一届领导班子带领微生物所整体进入中科院创新工程试点序列，翻开了微生物所发展史上又一个崭新的篇章。
二、二期创新的重点领域和研究方向
二期创新的重点学科领域和主要研究方向是：
微生物资源：加强极端环境微生物、难培养微生物和海洋微生物的调查和研究，建成具权威性的、亚洲最大的微生物菌种保藏中心和菌物标本馆;开展微生物多样性及其系统进化的研究，提出新分类系统;加强微生物资源的前期开发，以发现新型的医用和农用抗生素及新型工业用酶为目标，建立高通量的筛选模型，提供有价值的先导物质。
分子微生物学：开展基因组学和重要基因功能的研究，发现新基因和新活性物质，提出病害防治新策略;开展微生物发育分化和次级代谢的研究，为定向改良生产菌和获得新的代谢产物提供理论指导;研究重要的人和动植物病毒结构与功能及宿主免疫系统保护功能的分子机制，为相关疾病的治疗和新药开发奠定基础。
微生物生物技术：提升微生物产业发展与能力，为国家目标、企业需求和传统微生物工业的技术改造提供关键技术;开展油田土壤污染和工业废水的微生物整治、可生物降解塑料的研制等;发展微生物分子育种的新技术与新方法，为有重要应用价值微生物的深层次研究和开发利用提供技术平台;根据发展“绿色农业”的需要，在微生物农药和微生物肥料研究方面作新的部署。
为了实现和达到二期科技创新目标，进行了组织机构的调整，取消原研究室的编制，按三个重点领域组建三个研究中心，即微生物资源研究中心、分子微生物学研究中心、微生物生物技术研究中心。全所设35个研究组，遴选出19个研究方向、24名课题组长，原植物生物技术实验室按北京生命科学研究基地规划与遗传与发育所整合成为中国科学院植物生物技术开放实验室(该实验室于2004年1月获得国家科技部批准，升级为“植物基因组学国家重点实验室”)。
三、科技创新，关键在人
在用好现有人才的基础上，有计划、有步骤、多渠道、多形式地引进国内
外优秀人才。除执行院人才引进政策外，还自筹资金引入百人计划和杰出人才，凝聚了一批来自国内外的优秀人才。包括获得院首批百人计划资助者、院首批以团队形式引进的分子免疫团队人员、获得院青年科学家小组计划支持者等。他们给研究所带来了新的学科生长点、增加了新的研究领域和创新思维，使研究所呈现出新的发展势头。
面向国内外公开招聘研究所所长是改革创新的又一举措，2004年3月来自牛津大学的高福博士通过院人教局组织的竞聘答辩，成为微生物所第一个海外直接招聘的所长，并组建了新一届行政领导班子。
进入二期创新后研究生招生数量成倍增加，加上每年还有一定数量非本所招收的研究生和来自第三世界国家的留学人员、进修访问学者等，在所的学生人数远远超过在职职工人数，青年学生队伍成为科研主战场一支强大的生力军和后备力量。在加强研究生队伍和流动队伍建设同时还注重对本所优秀青年人才的培养，设立了研究所青年基金，提供一定数量的研究经费为他们的成长成才搭建舞台。
四、园区和支撑条件建设
为了营造适合科技创新的文化氛围，根据院整体规划我所在北郊奥林匹克科技园区内建新所址，建筑面积23336平方米，其中科研楼18098平方米、菌物标本楼3241平方米、发酵实验楼1987平方米，总投资10446.45万元，其中创新专项 6650万元，标本馆专项2220万元，自筹资金1576万元，于2004年2月开工，2005年12月竣工。工程获北京市结构长城杯金质奖和建筑长城杯金质奖。
为配合学科发展和研究工作需要，研究所更新添置了一批科研仪器设备，加强了重点实验室装备建设，包括购置大批先进仪器和装备，仪器管理配备专人，提高仪器的完好率和使用率。建立起不同层次的关键技术平台，成为创新发展的依托和支撑。
强化了微生物资源的信息化和生物多样性信息化建设，建立了我国微生物领域最大的网络站点。路甬祥院长在参观我所时说. "在微生物所我第一次看到了真正的、活的、可以真正为科研提供服务的、可以与世界接轨的网络资源库。"并专门题词. "一流的科技创新需要一流的技术支撑与服务"。
图书馆和杂志社编辑出版《微生物学报》、《生物工程学报》、《微生物学通报》及《菌物学报》期刊，也为提高我国微生物学研究水平和提升我国在微生物学领域的国际研究地位提供支撑服务。
创新的准备阶段和二期创新工程的实施，使微生物经过一次较大的变革，它克服了原先微生物学科布局过窄、学科发展缓慢的痼疾，也经历了从被动地改革到自觉改革创新和发展的变化过程。
五、着眼长远，与时俱进
随着二期创新工程的不断推进，拓宽了微生物学科研究领域，从建所之初与工农业生产相关普通微生物学扩展介入到病原微生物领域，形成了分子病毒学和分子免疫学新的学科生长点。面对SARS和禽流感流行，新生和突发传染病的威胁，面对国家对能源战略物质的渴求，微生物所以着眼长远、与时俱进的战略眼光，及时更新了三大研究领域的内涵：微生物资源、工业微生物和病原微生物。并建立了分属于三大领域的九个研究中心：微生物资源中心、微生物基因组联合研究中心、极端微生物研究中心、能源与工业生物技术中心、微生物代谢工程研究中心、环境生物技术中心、农业生物技术中心、分子病毒中心、分子免疫中心。
经过二期创新试点工程，微生物所每年争取的任务经费、发表的SCI文章、申请专利、获奖等明显提高，竞争能力稳步上升，综合实力明显增强。现代微生物学科方法、手段更多地融入到各个科研领域。二期试点结束时，创新科技人员有125人，平均年龄 39.5岁，45岁以下的中青年科技人员比例达79.2%，其中研究员37人(包括院士5人)，45岁以下研究员达51.8%，完成了创新团队的代际转换工作，微生物所进入了一个新的发展时期。
六、创新三期工程是二期的延续
日，国家科教领导小组审议通过了中科院实施知识创新工程试点第三阶段的方案。中科院知识创新工程三期将转变思路，以创新能力建设为主线，加强原始性创新、自主关键技术创新和重大系统集成创新，创新基地建设将成为试点三期的重要任务。
日中国科学院在下发微生物所的《关于综合质量评估结果和创新三期资源配置的通知》中写到：“你所通过创新二期，凝练了科技目标调整了学科布局，取得了显著进步，显现了较好的发展前景。你所发展战略与创新三期方案紧密结合国家重大战略需求及世界科学前沿，目标明确，措施可行，总体发展思路符合现代研究所的发展要求”。
三期科技创新总目标：以微生物资源、工业与应用微生物以及病微生物与分子免疫学为主要研究领域，建立从资源开发、自主创新到成果转化的研发体系，为提升我国微生物产业创新发展能力、建设绿色产业、创建和谐社会做出基础性、战略性和前瞻性贡献。
三期的科技布局和研究方向：微生物多样性及其资源应用基础;工业微生物研究与生物产品开发;环境微生物学与微生物群落生态功能利用;微生物与植物宿主相互作用以及植物生物工程;分子病毒与分子免疫等。建立与科技布局配套的技术平台，包括：微生物资源研究中心，微生物高通量筛选技术平台，生物信息与微生物资源信息管理平台和P3实验室。
七、令人瞩目的科研成绩
经过二、三期创新工程的实践，微生物所在基础研究、应用研究和成果转化方面都取得了令人瞩目的成绩。
(一)、2001年至2008年进入知识创新工程以来，在公共卫生、农业、资源、能源、材料、环境等方面组织和参与了国家重大项目。共承担项目266 项，合同经费79728万，(九五期间1996年至2000年为3213万)。项目申请过程也是打造创新团队的过程。在引进人才、新增学科生长点的同时，改变了以往以课题组为单位申请承担国家任务的分散型模式，加强了跨学科和跨所力量的组织和凝聚，继2004年我所首获973项目主持单位和首席科学家后，2005年、2006年又陆续获得973项目主持单位和首席科学家，三个重点研究领域都有973项目，形成了微生物资源、工业微生物和病原微生物学科领域协调互促发展的良好格局。继我所主持基金委三志编纂重大项目，又获主持基金委病原微生物领域重大项目。经过组织和凝聚所内优秀人才，申报基金委的微生物学科创新群体又获批准，成为我所第一个基金委资助的创新群体。通过团队组织申请项目提升了我所在微生物学科的领衔地位，也带动了新的学科，如元基因组学、蛋白质组学、转录功能组学、代谢组学等与微生物学科的交叉渗透，与之相关的分子生物学技术和手段也在微生物研究中得到广泛应用，促进微生物学科研究迈向国际前沿。
(二)、2001年至2008年进入知识创新工程以来，以第一单位或通讯作者在SCI刊物上发表论文呈现井喷效应，达到722篇，2000年仅发表20篇，到2007年全所共发表了194篇，大部分刊登在国际上有重要影响的杂志上，高影响因子文章大幅度增加;一些重点领域，如;微生物进化和系统学、极端古菌研究、重要微生物基因组学研究、微生物次生代谢基因调控研究、病原微生物与分子免疫等研究结果发表在《科学》(Science)、《柳叶刀》(Lancet)《核酸研究》(NAR)，《免疫学》杂志(JI)，《分子微生物学》(MM)，《生物化学》杂志(JBC),《病毒学》杂志(JV)、《基因组学研究》(Genome Res)，仅2007年5月我所科研人员就在《美国国家科学院院刊》(PNAS)上连续发表了三篇学术论文，达到国际领先水平。这些结果不仅提升了微生物所基础研究在国际上的竞争能力和总体水平，带动了科学院在生命科学前沿的学科建设。而且作为国立研究机构，微生物所在不断探索国际前沿的同时，脚踏实地、努力开拓，提高了满足国家需求所需的微生物学科知识贡献率。
(三)、2001年至2008年进入知识创新工程以来，申请发明专利169项，授权发明专利共115 项，PCT国际发明专利6项。其中有些专利已被应用到产业化过程中，如长链二元酸的4项专利、乳链菌肽的2项专利等，还有的用于疫苗生产研究。
(四)、2001年至2008年进入知识创新工程以来，获省部级以上奖13项，其中新型&-甘露聚糖酶的研制获国家技术发明二等奖，转基因741杨获国家技术发明二等奖，乳链菌肽(NisinZ)的研究与开发获国家科学技术进步二等奖，长链二元酸的研发与工业生产获国家科学技术进步二等奖。
八、技术转移、成果转化成效显著
探索院地合作新模式，立足于知识辐射、技术转移、成果转化、产业孵化四大工作。经与百余家企业进行广泛接触后，与浙江海正集团共建生物药物联合实验室、与浙江银象生物工程有限公司共建联合实验室等11家企业建立各种联合实验室和联合中心;在湖北省八峰药化股份有限公司，北京中科亚生物技术发展有限公司等12家公司投资参股;与湖北与深蓝有限公司合作开发灵芝和推广、与山东金长城集团成立合资公司等多种形式进行技术转化。 每年与企业合作的横向合作经费1000万以上。
路甬祥院长早在1999年就给微生物所题词“微生物 高科技 大产业”，提出了将基础研究成果转化为生产力的科技创新价值链。长链二元酸、乳链菌肽、低聚糖、食药用真菌、生物降解塑料、氨基酸、转基因植物等科技成果已在一大批企业产生显著经济效益。
我所乳链菌肽Z 的工业化生产，实践了科技的价值这一要求。研究人员发现在工业生产菌株中产生的是一种国内外未见报道的新品种乳链菌肽Z，进行了初期探索性研究，后在国家自然科学基金、八五、九五、十五国家攻关计划支持下，从基础研究、应用开发研究逐步走向产业化，融和了传统诱变育种过渡到分子生物学育种新方法、新手段应用的过程。2005年建成了我国第一座年产50吨乳链菌肽Z工业生产厂，出口国外市场实现了销售总额2亿多元，实现利税5000多万元，创汇近2000万美元。它的研究与开发为调整我国食品防腐剂产业的结构，促进我国现代食品工业的发展，提高人民健康水平起到了重要作用。凸显了微生物所人自主创新、坚持不懈的精神和现代微生物技术已成为成果开发的重要手段。该成果获2005年度国家科技进步二等奖，全国人大常委会副委员长、中科院院长路甬祥发来贺信。
二元酸的研究取得了重要的突破，这项技术申请专利6项，其中已授权的有5项，获得省、部级以上奖9项，最高奖为国家科技进步奖二等奖(2006年)，更重要的是这项成果已经成功地转化为现实的生产力。从1998年起这项技术先后转让给国内多家公司，并先后在山东淄博和济宁、江苏淮南和南通建成了4座千吨级规模的长链二元酸生物发酵厂，年生产能力超过1万吨，产品远销欧洲、美国和日本，已创利税5 亿元人民币以上。现在已经形成了中国独有的、原创性民族企业，市场占有率从2000年的不足5%到2006年大于30%。国际上的一些大牌公司如杜邦、汉高和通用电器等，都转向购买中国的长链二元酸产品和技术。目前，中国是世界上唯一一个能用生物技术大规模进行工业化生产长链二元酸系列产品的国家。受市场利益的驱动，上海凯赛和淄博广通两大集团公司正在加紧成倍的扩大生产能力。根据业内权威人士估计，在未来的5-6年内生物合成法生产长链二元酸技术将逐步取代化学合成法，市场占有率将达到80%。
九、天津工业生物技术研究与发展中心(筹)建设
中科院在创新三期中要求大力发展工业生物技术，提出建立先进工业生物技术基地的构想。“微生物 高科技 大产业”，发挥小小微生物在生命科学基础研究到走新型工业化生产道路中的重要作用，变微生物学科优势为发展微生物生物技术的强势。2005年2月-5月，中国科学院微生物研究所在院生物局、北京分院的直接领导下，与天津市科委进行了广泛的交流、协商、洽谈，双方互访多次，就联合建立天津工业生物技术研发基地事宜达成共识。日，中国科学院路甬祥院长与天津市戴相龙市长签订了中国科学院-天津市全面战略合作的框架协议。路院长表示天津工业生物技术研发基地是中科院-天津市合作的重要方向。
日，中国科学院微生物研究所与天津保税区管理委员会签订了联合建设天津工业生物技术研发基地合作协议。日院长办公会就中国科学院(天津)工业生物技术研发中心的建设方案及“中心”发展研究方向、法人地位、人员建制、资金投入和运作模式等有关问题进行了讨论并提出了相关意见。日在钓鱼台国宾馆举行了中科院-天津市合作项目“中国科学院天津工业技术研究与发展中心”四方协议签字仪式。日中国科学院天津工业技术研究与发展中心工地打桩奠基。日院长办公会讨论了中国科学院天津工业技术研究与发展中心的管理问题，决定由北京分院直接领导。日院长办公会决定由院地合作局负责中国科学院天津工业技术研究所的筹建工作。
十、拓宽国际合作的渠道，提高合作成效
通过聘请国外学者(包括诺贝尔奖获得者)、举办国际会议、联合申请项目、共建实验室、联合培养学生、任职国际组织、担任国际刊物编委、与国际著名机构共同设立奖学金等途径使合作形式多样化;新增国际组织任职、聘任国外客座研究员5人，国际SCI期刊编委10人;国际合作项目合同金额逐年上升， 从2000年的205万上升至余万元;2004年9月聘请了美国加州大学施文元教授领衔，来自英、美、德等国微生物相关领域的8名世界顶尖级专家组成海外评估团对我所科研工作与现状进行了客观公正的综合评估，并给予具体指导建议，体现了评估机制与国外接轨;与东京大学医科学研究所共同建立分子免疫与分子微生物学联合实验室、结构病毒及免疫学联合实验室，于2006年7月被科技部批准为中日政府级合作项目，合作预期10年，日方将投资 7000多万元人民币，并派两名核心科学家常驻中国。如此大规模的投入在中日近10多年的科技合作史上是第一次。联合实验室实行实验室经理和聘任制的管理模式;日微生物所被授予“国家级国际联合研究中心”的徽牌，作为科技部和国家外专局评选出的首批“中心”之一。
十一、创新文化建设
营造有利于提升研究所创新能力和成效的价值理念、思想方式和环境氛围。 2005年开展了Cell杂志文章发表25周年暨二步发酵法生产维生素C技术转让合同签订20周年，出版了纪念册等活动，回顾历史辉煌事件，激励科技人员出更多的Cell文章和高水平成果。
继1993年、2002年先后召开戴芳澜、邓叔群百年诞辰纪念会后，日召开了方心芳院士诞辰100周年纪念大会，全国人大副委员长、中科院院长路甬祥为方心芳院士百年诞辰题词：继承方心芳院士科学精神 创新微生物科技造福社会，卫生部长、中国科学院原副院长陈竺、中国科学院原副院长李振声、科技部基础司司长张先恩、中科院北京分院党组常务副书记项国英等领导、专家和方心芳的生前好友、亲属出席了会议。为此活动组织编辑出版了纪念文集、纪念光盘、制作了雕像等活动，宣扬老一辈科学家坚持不懈、默默无闻的奉献精神和刻苦探索、大胆创新，研究微生物造福社会的科学精神及关心爱护同事学生提携后辈的人文精神。缅怀先辈，激励后学。
从2004年起组织每年的科普日活动，接待青少年和社会公众几千余人;作为青少年科学培训基地，每年接受高中学生参加科技实践活动，通过大手拉小手，发现和培养科技苗子。
国家发改委已批准15000平方米的新建科研楼方案，新楼建设即将启动，科研办公环境将进一步改善。
十二、新的机遇-综合配套改革试点
进入知识创新工程三期后，中科院开始管理模式的探索。2007年底，中科院开始进行研究所综合配套改革的尝试。试点所的选择，考虑综合实力强、管理水平高、发展势头好的综合典型性和代表性研究所开展试点，计算所、高能物理所、微生物所、寒旱所、上海技物所、大连化物所、物理所7个成为试点单位研究所，被赋予了最大限度的自主权，可以制定符合自身条件的管理政策，目的是探索建立研究所分类管理制度。微生物所重点探索建立先进工业生物技术创新基地核心研究所，探索“微生物 高科技 大产业”科技创新价值链、人力资源管理改革、管理体制机制改革等的试点。
面对新挑战新机遇，研究所按照院建设“布局合理 四个一流 和谐有序 竞争向上 开放合作 引领发展”研究所要求，提出了试点目标和举措。包括1.改革研究所组织管理;2.建立科学的人力资源管理模式;3.建立一套相对科学的科技评价体系;4. 探索建立适应微生物研究所实际情况的科技创新价值链管理体系;5.构建天津研发中心良好运转机制，对中心采用“特区化”管理，摸索建立与产业紧密联系的运行管理机制，在人财物的配置上彻底打破对资源进行物差别分配的格局，有计划、有导向地分配经济资源，福利薪酬体制及管理方式实施“一所两制”。
不断地加强战略研究，凝聚科技目标，合理调整科研布局，完善科研组织结构，根据国家需求和科学院综合配套改革有关精神，将原有的九个研究中心调整为微生物资源前期开发国家重点实验室、中国科学院真菌地衣系统学重点实验室、农业微生物与生物技术研究室、工业微生物与生物技术研究室、病原微生物与免疫研究室5个研究室。
截止到2008年8月： 全所在职职工312名，离退休人员及离岗安置人员353名，研究员45名，院士5人，硕士生216名，博士生143名，博士后19名和部分外国留学生和访问学者。
通过自己培养和国外引进杰出人才，共有中科院 “百人计划”入选者17人;国家杰出青年基金获得者11人：谭华荣 (1999年)、黄力(1999年)、唐 宏(2000年，调离)姚一建(2000年)、东秀珠(2000年)、高光侠 (2002年，调离)、 郭惠珊(2005年)、高福(2005年)、刘杏忠(2006年)、刘双江(2007年)、白逢彦(2008年);中科院十大杰出青年马延和(2000 年)。
继恢复院士遴选制度我所5位研究员当选院士后，郑儒永(1999年)、方荣祥(2003年)又先后当选为中国科学院院士。
实施创新工程十年(1998年-2008年)我所：1. 承担项目284项，总合同经费82942万，其中2001年至2008年进入二期创新试点工程以来承担项目266 项，合同经费79728万，九五期间(1996年至2000年)为3213万;2. 申请专利179项，其中2001年至2008年申请了169项。;3.发表SCI论文829篇，其中2001年至2008年共发表SCI论文722 篇;4. 出版42部，约占我所共出版专著112部的40%;5.获省部级以上奖18项，其中国家奖5项，建所以来共获省部级以上奖172项;6. 共招收博士生426名，硕士生393名，分别是恢复招生20年(1978年至1998年)以来招收博士生108名，硕士生326名的3.9倍和1.2倍。
2008年7月黄力研究员被任命为常务副所长(法定代表人)，组建了我所第八届领导班子。新的领导班子正以“务实、理性、民主”的理念积极地带领全所职工进行科研布局和组织结构的调整和改革，决心在研究所综合配套改革试点中踏踏实实走好每一步，做出新的成就，积累新的经验，打造新的辉煌。
在国家实现百年奥运梦想、科学院在三期创新、新领导班子成立之际，我所迎来了它的五十华诞。五十年的风雨历程，半个世纪的沧桑铸就了微生物所实事求是、默默奉献的研究所文化，也传承着艰苦奋斗、奋发向上的精神文化。我们将永远铭记为微生物所的建设和发展做出努力和贡献的人。知识创新工程的良好发展和取得的成绩给了我们极大的自信。改革无止境，创新路正长。站在三期创新的起点上，又将开始新的努力和追求。承前启后、继往开来，自主创新、再树辉煌，微生物所的明天必将更加光辉灿烂。
作者：keeii 点击：次
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