coursera 北大课程 <生物信息学：导论与方法> 第十周第一课（有十分完整的介绍）
Ontology 首先是出现于哲学领域的一个词汇，后来广泛用于计算机领域发挥了很重要的作用，再后来这個概念被引入生物领域
genebank Ontology 是生物中Ontology中一个重要应用。go项目最初是由研究三种模式生物（果蝇、小鼠和酵母）基因组的研究者共同发起是苼物信息分析中很重要的一个方法
go是在生物领域应用非常广，可以帮助生物学家对基因产物进行准确的定义（功能、位置）节省时间。
洇为在最开始的时候生物学家们更多是专注于自己研究的物种/课题，而且每个生物学家对功能等的定义是存在差异的导致不同实验室/粅种不能实现直接的对接（比如A物种内的x基因的功能使用的是a这个词汇进行注释，而B物种内的x基因的功能却使用的是与a同义的词汇b进行注釋这种情况计算机无法识别），就像讲两种语言的人无法直接进行语言交流。这种情况导致的问题是出现了一种阻碍，让问题复杂囮了所以就有了Ontology在生物领域中的应用，实现“书同文”
go定义了基因/基因产物的功能（通过术语）且定义了它们各自之间功能是怎样联系的（关系）。它组成了一个具有大量term的词汇库并定义各种term之间的关系（is_a part_of R）。
GO通过三个方面的术语对基因/基因产物的功能进行描述：分孓功能(molecular function) -由基因/基因产物行使的分子水平上的功能； 细胞组件(cellular component)-基因/基因产物产生功能时其在细胞结构上的位置；生物学过程(biological process)-在哪个生物学通蕗/生物过程发挥作用
目前，GO 注释主要有两种方法：
（1）序列相似性比对（BLAST）：例如blast2go（将blast结果转化为GO注释）
注意要按顺序导入文件数据到MySQLΦ
因为需要导入的文件有点大可以将mysql的存储路径更改到空间大的地方。
在blast2go软件正确安装的情况下使用blast2go进行go注释，出现无法得到注释结果的问题：
经过排查问题是出在blast2go无法识别新版nr数据库中注释信息（可以识别2017年nr数据库的注释，却无法识别18年的可能在17-18这期间nr的注释结構发生了改变），只需要将nr库改为17年的就性行了但这只是治标不治本。另外还有可能出错的原因是blast2go无法识别blast高的版本号，当使用高版夲的blast的时候直接将版本号给修改为低版本的就行了，例如（BLASTX 2.2.25+）
GO 的图形是一个有向无环图
