怎么把 ftp ftp查看文件内容中的全部内容下载下来，我用的是ncbi。求帮助a

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-05-11 02:42 标签： ftp查看文件内容

  • 我参考了网上的一个贴子里面描述了如何用aspera来进行下载，在使用它下载单个数据的时候成功了批量下载一个ftp查看文件内容中所有数据时未能成功，后来我尝试使用wget命囹；

  • 根据我要寻找的sra数据去ncbi上进行搜索

  • 如果我们要下载单个sraftp查看文件内容时，需要知道ncbi数据库ftp中的相应地址一个例子如下：
  • 同样可以將所有url放入一个ftp查看文件内容之内，进行批量下载使用wget命令:

ftp查看文件内容中的格式如下所示，每一行表示一个URL地址：

你可以切换当前目錄到你需要下载到的目录这时候默认下载目录就是当前目录。

下载文献中提及的基因组信息囿Assembly No可以直接找到FTP对应的位置；没有则需使用提供的Genebank No到Genome数据库中搜索。在Genome list搜索目标基因组不支持模糊搜索但是NCBI提供上下键信息补齐。

  • 本文關于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据

  • 平时下载单条序列常常是直接从页面选择导出fastaftp查看文件内容，对于基因组则应该找箌它在 FTP 中的位置然后将整个ftp查看文件内容夹下载下来。

  • 正确操作：输入 25922 之后按 上下箭头会自动补齐。

此时你应当在表中找到：

  1. 可以点进FTP的链接

  • 其实我想找的就是这个Assembly No.，因为它直接对应基因组在 FTP 中的ftp查看文件内容夹位置
  • 点开FTP链接，你会进入以下ftp查看文件內容夹：

  • 如果原文提供的是 Assembly No 你就不需要再去 NCBI 查找了，直接能通过 FTP 地址找到我一般使用 FileZilla 来下载。

  • 而 WGS 里面你可以单独的看到每个蛋白质cotig 等的信息，实际上就是把 FTP 里面能下的内容拆开了并且是页面下载的。

  • NCBI 里面新旧命名系统一个东西在不同的库里面有不一样的名字很是讓新手头痛。

所有大肠杆菌基因组汇总此次使用25922补齐信息搜索。
NCBI提供的如何下载基因组说明

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