本作特色/数码宝贝合体战争[东映动画制作动画]
第一期邪恶的死亡指挥官与七个王国
相对於前几作以进化为强化能力主轴，本作则以作为主轴，更因此数码兽之间等级完全消失，也没有所谓「夥伴数码兽」的设定。直至数码兽合体战争～邪恶的死亡指挥官与七个王国～，即第30话后重现进化形态，但由於本作设定了没有等级的关系，因此其所谓「超进化」和合体并没有本质上的差异，後来才设定「超进化」目的只是挽救本系列的旧观众对本作的支持与期待。由于本作主题为「合体战争」，在每一话内容都涉及大量数码兽的势力混战，然而东映在本部作品投放的资源和制作费有限，所以配音演员们通常都需要一人担当最少3～4个的配音角色。以配音演员桑岛法子为例，除了是天野音音的配音角色，还有担当萌萌兽、莉莉斯兽、户张莲总共4个不同的声音演出。除此之外，一些数码兽配角更来自名气偶像或组合，如AKB48的成员担当巴斯迪兽的配音角色，因此本作中邀请的大都是经验充足而且知名度极高的配音演员班底。由「邪恶的死亡指挥官与七个王国」开始，播放时间更改为清晨6时30分，每话的播放长度亦由第1期的22分钟延长至23分25秒，加长时间的总数为1分25秒。主要变化是稳定了每话的开场白（30秒）和主题歌（1分20秒）的时间，因为播放第1期的时候，某些话数曾因为剧情紧迫而删除开场白，直接进入主题歌画面；其次是加长结尾时段播放的数码旋律和显示器兽对各种数码兽的吐槽。系列构成的三条陆曾经在2011年4月份接受访问中表示本作预定全50话，因为第2期更改播放时间的关系，脚本能够有延长数集的空间。但是在2011年8月份播放第2期将近结局篇之际，连载本作动画的Vジャンプ（集英社）在杂志上刊登由2011年10月2日起，将会播放本作第55话的新系列-《穿越时空的少年猎人们》，而原本第54话最终回则成为第2期阶段性结局完满结束。
本篇章的开始，意味着数码兽系列自1999年开播以来，脚本首次多於54话的长篇故事，打破所有历代系列作的纪录。原因是系列构成的三条陆制作脚本接近第2期最终回的时候，本作当时其中一位导演贝泽幸男建议展开故事的第3个阶段，提出「猎人」、「数码晶界」等字眼并制定全新的世界观。经过制作人和企画部门同意後，在三条陆充份利用第2期的故事流程下，及参考贝泽幸男相关的字眼，於三个星期内决定第1话的初稿，贝泽幸男因而成为本篇章的系列监督。而根据三条陆在《Otona动漫杂志》的访问中透露：「原定合体战争全54话，《穿越时空的少年猎人们》是突然决定制作的，因此由企划直至第1话（55话）的脚本，都是贝泽幸男领导整个制作团队下仓猝完成。」。而本作是电视版制作途中首次更换系列监督，贝泽幸男是参与多部历代系列作品的资深导演，更是主导前作「数码兽驯兽师」、「数码兽无限地带」的系列监督而被受好评，更因此本篇章的主题歌画面镜头与第三作「数码兽驯兽师」的风格非常相似，不过此情况并没有带来太多负面回应，反而得到本系列的旧观众重拾当年收看数码兽的感动和支持，为本篇章带来正面评价的新开始。本篇章以日常篇的狩猎数码兽故事作为主线内容，三条陆希望这次能够回归系列主题的原点，以日常生活的桥段让故事逐步深入拓展，到最後发展成大规模战争的故事。并强调以「邪恶的死亡指挥官与七个王国」的超进化作为主轴，合体则作为能力提升的辅助要素，限制猎人使用Xros
Loader（相等於前作的暴龙机）的合体功能，每次最多只能够跟另一个数码兽维持於X2的状态。如需要突破X2的话，则要将多馀的数码兽转交另一个使用Xros
Loader的猎人手中进行Double-Xros（双重合体），才可以出现X2或以上的数码兽角色战斗。另外，本篇章在主题歌的开头片段内出现向原作致敬的标志，及後才显示本篇章的标题；而系列的男主角在主题歌内通常会站在中间位置，但是在本篇章内，首次将中间位置由明石激取代前两篇的工藤大器，而工藤大器则站在明石激左边，证明本篇章的焦点落入明石激当中。三条陆在访问中表示，本篇章特意选择一些目.前动画还没登场过的数码兽出场。另外，本篇章亦经常与观众有较多的互动，其中包括播放第二期期间，举办名为「原创数码兽大募集」的活动，收集小朋友创作的原创数码兽。活动结束後，由主角工藤大器於第50话中代表制作组致以感谢，并选出五个最好的作品在节目中介绍。及後部分得奖作品於本篇章动画中登场，包括第62话的金钱兽、第72话的绘师兽、第75话的枕头兽、纸箱兽、烤薯兽、鬼牌兽等等。
本作的系列构成——三条陆为漫画家出身，过往擅长描写虚构世界、被喻为有能力将多方面势力混战统一为主要战线的优秀漫画家，近年被东映株式会社邀请成为动漫脚本家，2009年主导特摄系列《》.以欢乐气氛的带出沉重主题、勇於设定创新的故事元素等，迅速使三条陆广为人熟悉和获得观众非常高的评价。2010年《假面骑士W》播放结束後，随即成为本作的脚本主导。然而，由第三作《数码兽驯兽师》开始，每部历代系列作的故事内容都是构思各自独立的世界观。而三条陆则勇於打破历代设定的常规，首次将前作主人公代入本篇章故事内容的主题，名为《》。在《穿越时空的少年猎人们》制作开始前，三条陆已表示历代主人公不会像《假面骑士DECADE》和《海贼战队豪快者》那种形式出现。由于历代每部作品的画功会因该作的总作画监督要求而有所不同，而历代主人公在本作中首次出现，因此本话需要统一画功的因素。有见及此，制作组对本话非常严谨，原画职位总共派出16人和包括东映动画在内的四间动画工作室联合制作，大部分都是领衔作画监督职位的原画师绘图，当中有原画师曾经是前作的总作画监督（信実节子）、人物设计（青井小夜）、《数码兽大冒险02》结尾歌的原画绘图师（竹田欣弘），而本话则由本作的总作画监督——浅沼昭弘掌控整体绘图品质。第76话的历代角色首次出现对白，配音演员全部都是找回当年担任该角色的配音演员演出，令不少旧观众深受感动。东映动画的制作人樱田博之表示：“对于一直收看《数码兽合体战争》的孩子们来说，将历代的英雄们集结，能对数码兽系列做一个全体的了解，也让他们开始关注数码兽系列。而藤田淑子（太一的配音演员）表示“多年后再次为这部动画演出，她满怀激动的心情走进录音室，看到画面中的太一、看到那时候的角色们，心中充满怀念的思绪。数码兽系列长时间以来所传递的友情、勇气以及心心相连的精神感染着她的内心。还能再度回到这个世界，真的感到十分高兴。”
2012年2月1日，最先流传有关本作突然完结的信息，是来自日本大型讨论区“2CH”网站的留言，表示本作将会于2012年3月25日完结，并且不会制作第4期。
2012年2月3日，连载本作动画的‘Vジャンプ’（集英社）刊登杂志标题为“数码兽合体战争-最终决战迫近”，基本证实了完结的消息。
2012年2月5日，东映动画的常务取缔役经营战略本部副本部长-大山秀徳，举行“东映动画的未来战略”发表会演说，当中表示数码兽系列动画的话数日渐增加，现.在的总话数已经超过310话，他表示最终只会制作到320～325话左右。
2012年2月7日，东映动画放出有关新番组的官方网页，2012年4月1日早上6时30分将会播放“圣斗士星矢Ω”的新作，确定《穿越时空的少年猎人们》以第79话作为完结。
故事大纲/数码宝贝合体战争[东映动画制作动画]
普通篇（主要环绕各队伍彼此争夺Zone）
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，而成为了，与朋友们一起来到了数码世界中，在那里认识了众多的数码兽同伴。然而他们将要担负起拯救数码世界的重任。为了防止企图称霸数码世界的巴古拉军而努力的收集著各个领域的水晶，令他们意想不到的是在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着…
邪恶的死亡指挥官与七个王国
经过了第30话中的东京大决战后，数码世界已经落入了巴古拉军手中。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界。但是，数码世界已经相比之前的旅程过了几个月，数码世界亦变成了巴古拉军支配下的地狱世界。数码世界被巴古拉军分裂为七个国家（Land），并由七名可怕的巴古拉军将军所，而这七名巴古拉军将军就是本新篇章的主要敌人。此外，本篇章亦出现全新力量「超进化」。
与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，工藤大器升上了中学二年级。不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着，队伍中有一名尊敬著大器学长的成员—明石激。一天，明石激被卷入了街上所发生的异变之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章！
主要角色/数码宝贝合体战争[东映动画制作动画]
|
工藤大器/工藤大树（工藤タイキ/Taiki Kudou）
配音演员：高山南（日）许盈（港）
简介：本作男主角，13岁的中一学生（第三部以後为中二），父亲因职业赛车出国後与母亲两人独居。老实人且爱帮助别人的性格，体格强韧，热心肠，过去一直是社团救兵，有着「怎麼能抛开不管！」的口头禅。经常为了帮助他人而累垮。运动神经非常好。好的过头。往后跳能做出回旋式的后空翻，落地很远。（54集在巴古拉身体里做出）因为高吼兽的求救声而来到数码世界，顺便把当时他的两位朋友阳本明里跟剑善次郎也一起卷进数码世界，之後成为率领Xros
Heart（交心）队伍的总指挥官，组合中心是高吼兽。第三期曾交代大器就读于东云东中学，中二学生，与同校的中一学生天野悠为了守护人类世界，指导仰慕并向想超越大器的数码兽猎人明石激狩猎数码兽。名字的由来是“大器”=器量大的人。
|
|
配音演员：白石凉子（日）张颂欣（港）
简介：本作女主人公，工藤大器的青梅竹马，喜欢工藤大器，年纪比工藤大器小一岁，但由于是四姊弟的长女，个性十分精明懂事。对于大器的老好人性格有点无奈，非常了解工藤大器，却也经常受不了他。自称“大器的经纪人”，小学时代就帮其掌管社团活动，经常在大器累倒时适时出现给予急救。其那种的“适时”可说是默契到了连旁人都会赞叹的境界。第三期时虽然升学，但进入邻镇的中学而非大器的学校。末期为了帮助大家被钟表行爷爷给予橘黄色的Xros
Loader，与多路路兽和萌萌兽等为队伍。
|
|
配音演员：草尾毅（日）
简介：名校艾莉特中学的中一学生，被巴古拉兽召唤到数码世界。率领暴龙兽等数码兽，身为Blue Flare（蓝色闪耀）之指挥官，在家庭方面有不愉快的经历。一开始时经常使用不光彩的手段攻击敌人，但和工藤大器等人战斗和合作后处事方式逐渐改变。第三期前往美国并与机械暴龙兽重逢，其后环游世界独自调查数码晶界的事情。tv版76集中，因天野音音一句话而脸红，似乎喜欢天野音音。
|
|
天野音音/天野宁宁（天野ネネ/Nene Amano）
配音演员：桑岛法子（日）柚子蜜（港）
简介：女主二号，率领着谜之军团的神秘少女。目的是为了寻找最强的战士，不时在各方势力间予以插手。因为骷髅骑士兽需要黑暗力量让Darkness Loader苏醒，所以骷髅骑士兽以其弟弟作威胁，利用天野音音帮忙收集黑暗力量。在“Xros Heart”团队的理念感动下，在第24话正式加入为“Xros Heart”一员，悠的Xros
Loader也从原本的黑色变成淡紫色，持有权转移到为音音身上。第三期时音音到香港发展演艺事业。tv版76集中，对于苍沼切羽的晚来，认为是耍酷，但喜欢切羽/。
|
|
配音演员：岸尾大辅（日）胡家豪（港）
简介：和工藤大器的同年级的同学，自称“永远的对手”，擅长剑道，亦因家族工业起家对机械十分了解。不喜欢拐弯抹角。在剑道上败给临时的社团救兵、并自称外行人的大器，因而擅自认定他为劲敌。此外喜欢可爱的女孩子。战斗时以星星兽组成的武器“星剑”发挥本领。自称“江东区最强的中学生剑道的男人”。第三期时转学到“邻镇的邻镇的中学”，状况不明。末期为了帮助大家被钟表行爷爷给予浅蓝色的Xros
Loader，与弩机兽等为队伍。
|
|
配音演员：冲佳苗（日）
简介：音音的弟弟，13岁的小六生（第三部以后为中一）。骷髅骑士兽为了需要黑暗力量让Darkness
Loader苏醒，把他作为人质用作威胁音音帮忙收集黑暗力量。于邪恶的死亡指挥官与七个王国篇，天野悠受控制成为了Twilight的新指挥官。但日后因不行兽战死的打击而醒悟，悔改并回到音音身边。后来因为仰慕大器，追随其进入大器与善二郎就读的中学。第三期大器跟悠为了守护人类世界，指导捕猎数码兽的同班同学明石激。第三期中曾多次救助洲崎爱琉。漫画版并未登场
|
|
简介：本作第三期登场的新主角，和悠一起就读大器学校的同班同学，加入大器、悠组成的“Xros
Heart”三人篮球队，以超越大器为目标。在偶然的情况下进入了数码晶界，目睹了最上龙马等人进行狩猎的情况，同时与胶龙兽相遇，因同样想超越数码世界的国王（大器的搭档高吼兽）而志气相投成为伙伴。令人意外地擅长料理，喜欢吃御好烧。表面既冲动又粗线条，其实激也有着温柔的一面。因大器被龙马（被晶界兽操纵时）暗下毒手，而替代大器的的英雄位置，并成功捕获晶界兽。
|
|
最上龙马（最上リョウマ）
简介：第三期登场，持有Xros Loader的银发少年，搭档数码兽为阿斯塔兽。与莲、爱琉组成猎人小组担任军师的角色。个性冷静慷慨总是面带微笑的男孩，不会因队友意见不合或狩猎成绩而打乱思考。似乎知道大器一年前的事迹，并对新人激做某种程度的狩猎指导。是晶界兽（邪恶的存在）的伙伴，也就是最终boss，实际上被假装成阿斯塔兽的晶界兽操纵。
|
|
简介：第三期登场，搭档数码兽为德拉库兽。龙马的队友，冷静的猎手。已拥有许多罕见数码兽。以捕获稀有数码兽为目的，但除此之外的都没有兴趣。为了捕捉稀有的数码兽而不惜伤害任何人。
|
|
洲崎爱琉（洲崎アイル）
简介：第三期登场，搭档数码兽为负鼠兽。视数码兽狩猎为乐趣的女孩。龙马的队友，喜欢收集“卡哇伊”数码兽，以捕捉可爱的数码兽为狩猎目标，自称“可爱猎人”，性格非常自我中心，同时也擅长计策和陷阱。爱慕天野悠。
|
|
真下英秋（真下ヒデアキ）
简介：第三期登场，持有Xros Loader的东云区少年，搭档数码兽为杜宾犬兽。希望在狩猎中储存足够的资金开章鱼烧店，对狩猎本身不感兴趣。
|
|
船桥贵一（船桥キイチ）
简介：第三期登场，激的同班同学，与激一样被钟表行爷爷给予Xros Loader。成为数码兽猎人却不狩猎数码兽，只要和大家一起乘坐机车兽旅行。
|
|
钟表行老头（时计屋のおやじ）
简介：第三期登场，本名不明。在隐蔽的“钟表行”工作的驼背老人，其助手为时钟兽。给予激、贵一等人新的Xros Loader以及数码狩猎的规则，来历用意皆不明。自身使用黑色的Xros Loader。片尾时用巴古拉兽的声音说“你们曾经从我手上保护了这个世界，所以我也想保护看看”。各细节表现暗示其是巴古拉兽的转生。
|
|
简介：第三期时登场，激和悠的同班同学，是悠的狂热粉丝，并与其他两名女同学组成悠的“亲卫队”，经常在悠面前抱怨激不懂得处事待人，不过私下还是很关心激。
|
历代主人公的设定并不是猎人，而是英雄。另外数码兽大冒险中的主角,造型均为系列第一作的打扮,并非数码兽大冒险02中已成长的造型。
|
|
亚古兽/暴龙兽/机械暴龙兽/战斗暴龙兽/奥米加兽
|
|
亚古兽S/闪光暴龙兽/闪光暴龙兽爆裂形态
|
|
V仔兽/v仔兽EX/金甲龙兽/帝皇龙兽龙形态/帝皇龙兽战士形态
|
|
基尔兽/公爵兽/公爵兽真红莲形态&格拉尼
|
|
|
巴鲁兽/仙人掌兽/百合兽
|
|
|
比丘兽/巴多拉兽/伽楼达兽
|
|
小妖兽/别西卜兽&贝希摩斯
|
|
|
|
|
|
|
|
巴达兽/天使兽/神圣天使兽
|
|
|
|
哥玛兽/海狮兽/祖顿兽
|
|
瓢虫兽/比多兽/超比多兽
|
|
|
加布兽/加鲁鲁兽/狼人加鲁鲁兽/钢铁加鲁鲁兽
|
|
高吼兽/咆哮兽→→奥米加高吼兽配音演员：坂本千夏（日）袁淑珍（港）
简介：外型为红色小龙的数码兽，手持着，双耳带着。是Xros Heart其中一名主要成员，亦是主角数码兽。是个自信心过剩的热血汉，梦想是成为数码兽之王。激情就是它的，在任何情况下永远都不会放弃战斗。当遇上友好的同伴时，便兴奋地高歌。手上拿着麦克风，作武器或高歌之用。初出现于第1话。于第30话靠阳本明里的勇气之心和剑善二郎的友情之心，给予了工藤大器Xros Loader新力量，使高吼兽可进化成奥米加高吼兽。从第55话可知道它已经成为数码兽之王，于第56话在贤者兽的帮助下与其他伙伴成功进入大器的Xros Loader，外表与之前有所差异。
弩机兽/弩炮兽配音演员：草尾毅（日）陈卓智（港）
简介：一只甲虫般的机械型数码兽，拥有强大的动力装甲。是Xros Heart其中一名主要成员，真实身分是Gold Land的死亡指挥官奥利格兽的最强兵器－暗黑音量兽，但才刚制造完成就失去控制，并打破时空的障壁，被时空乱流带到了位于Green Zone的微笑村，然后就被高吼兽依照设计图修好，并变成了现.在这个样子。（顺带一提，弩机兽这个名字也是高吼兽取的。）虽然看起来安静，但当一战斗起，便成为一个强大的勇士对付敌人。初出现于第1话，
多路路兽/多鲁路兽配音演员：樱井孝宏（日）刘奕希（港）
简介：外型橙白色的数码兽，身上多个部位皆有钻头。曾是隶属，是策略兽的左右手，被称为天才的战士。后来知道了巴古拉军连同伴都杀后，就因为忍受不住如此残忍行为脱离巴古拉军，过著独来独往的生活。其后于路上遇上寻找父母的萌萌兽，两兽便开始独来独往地在数码世界游走着。于第9话中受工藤大器的影响，终于成为了Xros Heart其中一名主要成员。多路路兽能使用高速度攻击敌人，拥有着行侠扙义的精神。尾部有一个钻头，可以发射，亦可以高速旋转转出龙卷风作攻击。初出现于第1话。
星星兽/五角星兽、拨片兽（另：数码合体时五角星兽&拨片兽一起出镜时，香港译名是“五角星剑兽”）配音演员：（星星兽）、菊池心（拔片兽）
星星兽简介;外型为黄色星星、眼戴着三角形的太阳眼镜的数码兽。是Xros Heart其中一名主要成员。初出现于第1话，
拔片兽简介：外型为用作弹吉他之拨片的数码兽，跟小拨片兽差不多，但左右两边的角比较尖。有三种不同的拨片兽。有多只银色拨片兽﹑多只白色拨片兽及一只红色拨片兽，全部都皆是Xros Heart的成员。于第5话中，白色的拨片兽更能够从口中放出多只白色的小拨片兽，可作搜索之用，而小拨片兽们更可以跟远距离的拨片兽感应。初出现于第1话。
萌萌兽/可爱兽配音演员：桑岛法子（日）
配音演员：皆川纯子（日）林芷筠（港）
巴力兽（地魔神兽）→别西卜兽/堕天地狱兽配音演员：岸尾大辅（日）李凯杰（港）
初出现于第1话。本为守护Sand Zone的「女神战士团」之一员，在女神团因莉莉丝兽的谋略而崩溃後，为了向莉莉丝兽报仇，於是加入巴古拉军伺机而动。于第14话领悟到身为其师的天使兽的指导後，为了守护高吼兽X4K而战死，但于死亡之时受到女神的光芒照耀得到新力量而以别西卜兽身份作为真正的战士转生复活。外型与前作的别西卜兽不同，全身拥身的银色装甲并没有尾巴。由于拥有一双蓝色羽翼，以及右手的一支巨炮，外型比较接近前作的别西卜兽爆裂型态。能够自由地穿越数码空间。于第15话开始以自由身份加入Xros Heart，常与危急关头出现并协助Xros Heart。在48话与莉莉斯兽同归于尽，后在54话复活。
为知识的探求者，并隐居于数码空间中的书内，日夜进行研究。因为书被特殊的力量守护着，在数码空间都不会粒子化而消失。初出现于第22话，于第22话加入Xros Heart。
配音演员：菊池心（日）
木偶兽配音演员：难波圭一
简介：Dust Zone的居民。初出现于第20话。在第三季再次登场，但不知为何失去了原有的记忆，并希望成为最强的数码兽。因此引诱大器学校里的机器人社成员，利用他们希望成为全国第一的梦想而让他们制造了巨型破坏龙兽，但在大器和高吼兽的努力下使木偶兽恢复原状，并帮助大器他们捕猎暴走的巨型破坏龙兽，之后就进入了大器的Xros Loader里，就此成为激等人的伙伴之一。
麻雀兽配音演员：菊池心
简介：外型为黄色机械麻雀的数码兽，像一架小型战斗机，飞行速度相当快。两手手持着雷射枪。本是Twilight的成员之一，是天野音音的主要同伴。麻雀兽内心热爱着拍挡天野音音，只要是天野音音的命令，都会一切遵循。一旦天野音音遇上危险，便不顾一切地解救天野音音.初出现于第11话。于第17话中，更为了解救天野音音而与Xros Heart的高吼兽X4进行Digi-Xros成为高吼兽X5。其后由于天野音音加入了Xros Heart，麻雀兽亦于第24话加入Xros Heart。
配音演员：丸山优子（日）罗孔柔（港）
外型为显示器的数码兽，忍者般显示器型的数码兽。初出现于第1话结尾的搜敌功能。三只绿色显示器兽是天野音音的同伴，本是Twilight成员，之后由于天野音音加入了Xros Heart，三只绿色显示器兽亦成为Xros Heart成员。另外，于第24话中，来自Shinobi Zone的三只红色显示器兽也成为了工藤大器的同伴，Xros Heart成员之一。是忍者般显示器型的数码兽，能够看到其他数码兽的资料，包括技能或弱点等。不同显示器兽有着各种不同的颜色，是一些很团结的数码兽，故乡是Shinobi Zone。此外，显示器兽能够与其他显示器兽们作通讯，共享收集到的信息。
梅尔瓦兽（港译：玛花兽）
简介：从属于奥林匹克十二神族,是伊古尼特兽（港译：燃点兽）的姐姐，於第36话加入Xros Heart。喜欢别西卜兽。
简介：能通过「数码忍法武人变化」变换成不行兽。强者兽是暗黑骑士兽的仆人，以不行兽的姿态作为莉莉丝兽的宠物潜伏在巴古拉军中做间谍。於邪恶的死亡指挥官与七个王国篇，成为天野悠的保镖与悠一同行动，对悠高度忠诚。於49话中死亡。於第59话，以不行兽的形态重生，因而强者兽成了超进化后的形态。
巨星兽配音演员：三矢雄二（日）
初登场于第63话，策划陷阱把大器和明里封锁在中但被悠救出后，随後众人与之对战中僵持不下。经明里下意识的提醒，悠跟大器展开双重合体让高吼兽X4登场。X4的恒星毁灭者一击把护壁击破后，阿斯塔兽、猎捕龙兽和强者兽联攻下，手快的悠把巨星兽捕获。
马棋兽→车棋兽初登场于第74话。
初出现於第55话。明石激的搭档数码兽。以超越高吼兽为目标，自称为“数码世界第一的捣蛋鬼”。超进化为猎捕龙兽后装甲由特殊橡胶组成，背部双翼给予其高速飞行能力。尾巴部分呈锚状，可作武器之用。
配音演员：草尾毅（日）张炳强（港）
简介：恐龙型，初出现于第1话，作为擅长于进攻的数码兽，他拥有极高的斗争天分。普通的数码兽甚至不能接近他，因为在他的周围散发着一种奇特的好战热情。拥有着“冲撞攻击”一种无论在接近或离开时都有效的攻击方式，除此之外，他尤其强壮的身体近身战中有着强大的威力。他的每一项进攻方式都有着极强的破坏力，除此之外，在近处攻击他几乎不可能因为他那迅猛的动作。因为他没有丝毫怜悯的性格，甚至对他的同种，因此他很难被使用。
铠甲巴多拉兽/铠甲鸟龙兽
配音演员：岸尾大辅（日）冯锦堂（港）
简介：外型为蓝色机械鸟的数码兽，全身被装甲覆盖著。是Blue Flare其中一名主要成员。铠甲巴多拉兽拥有非常冷静的个性，常于高空窥探敌人，并利用自身的分析能力和准确的判断作出最好的战术。初出现于第1话。
魔像兽/高力兽初出现于第3话。
配音演员：草尾毅（日）
战舰龙兽/军舰龙兽配音演员：矢田耕司（日）
初出现于第18话，于第43话为了阻止切羽攻击大器并帮切羽和Xros Heart的成员挡下“土神之格拉比兽”的攻击而牺牲。后在54话复活。
天龙兽配音演员：浦和惠（日）
初出现于第68话。时针屋老人曾为捕获他而召集大量猎人进行比赛。
Twilight（暮光/黄昏）Twilight Logo暗黑骑士兽所操控的队伍，以音音和悠作为傀儡指挥官。数码世界重新统合之时暗黑骑士兽加入巴古拉军，因此实质上成为巴古拉军的分支队伍。
暗黑骑士兽简介：骷髅骑士兽与致命巨斧兽的合体形态，以骷髅骑士兽作主导。追求最强名号的数码兽，以贵族自称，巴古拉兽的弟弟。一心想超越兄长巴古拉兽开发DigiXros后，找到了天野悠做为General，但被巴古拉兽发觉，在第一季以天野悠的性命胁迫音音帮助自己积聚暗黑力量，在第二季担任巴古拉大魔殿的魔殿提督，在第52话趁着巴古拉兽右手开启D5而被封，左手集合黑暗石力量而被封时将其杀害，并吸入体内，成为最终暗黑骑士兽，但因为失去数码合体之力被巴古拉兽反吞噬而亡。
啾啾兽配音演员：赤羽根健治
简介：总是骑乘在不行兽（强者兽）背上的数码兽。当好友不行兽奄奄一息之际，并没有表现出哀伤，而是冷酷的袖手旁观。身体无实际大小，平时是数据压缩的模样。在巴古拉大魔殿监视悠时，被巴斯迪兽生吞。
丧尸暴龙兽、丧尸撒旦兽简介：暗黑骑士兽的手下。被暗黑骑士兽用Darkness Loader的暗黑力量强制与之Digi Xros为超级暗黑骑士兽。
道满兽配音演员：荻野晴朗
简介：强者兽的手下。用幻术构造结界封印Honey Land。死於梅尔瓦兽的广域高清剑剑下。
巴古拉兽配音演员：草尾毅
简介：魔王型，一直以来都深藏不露，甚少人看见其真实面目。他的身份是巴古拉帝国的皇帝兼巴古拉军的统帅，作为数码世界最强大势力的头目，四处发动战争，抢夺Code Crown，意图控制整个数码世界。初出现于第21话。得到数码王冕后，为了究极破坏之日D5，将数码王冕改造成黑暗石。最后暗黑骑士兽偷袭并强制吸收后反吞噬暗黑骑士兽。
暗黑骑士兽详细参见Twilight。
配音演员：岛田敏（日）、冯锦堂（港）
简介：武士数码兽，巴古拉军三元士之一，手持名为「蛇铁封神丸」的无双剑。是三元士最强的存在。尽管有着作为武人的惊人实力，但是谋略才是其所长，真正的实力并非体现在腕力上而是在知谋上。率领军团时，据说「在战斗之前已决胜负」。因为早已确立好了各种各样的策略，所以策略兽在战场上是绝对处于有利位置的。策略兽对巴古拉兽极为忠心，在三元士中战功显赫，曾一举击溃红军、蓝军。可惜在人类世界的时候，即使吸收了大量数码力量并巨大化，但最后还是被高吼兽超进化的奥米加高吼兽击败。死后留下的剑成为指引巴古拉兽发动D5的指标，初出现于第1话。
配音演员：桑岛法子(日）梁少霞（港）
简介：巴古拉军三元士之一。“色欲”之魔王，曾经是像神圣天女兽一样高级的天使，后来堕入地狱，成为七大魔王之一，被称为“暗黑女神”。对恶行宽大，对善行则显示冷酷无情残忍的一面。初出现于第1话。
配音演员：岸尾大辅（日) 李锦纶（港）
简介：巴古拉军三元士之一。爆风兽可以利用自己身体上的碎片制作分身，并能将自己的心灵转移到分身。于数码兽交错战争第26话中，被高吼兽X5B打败，身体只剩下头部，初出现于第1话。
由魔殿提督暗黑骑士兽所统领的七名将军。又叫Death Generals即死亡指挥官由七位强大的究极体数码兽组成，掌管着7个land，可以通过Darkness Loader自由的Digixros和Xros open，由魔殿提督暗黑骑士兽进行管理。
多卢比克兽配音演员：堀秀行（日）被称为“火烈之多卢比克兽”，为Dragon Land的统治者。拥有能自由操纵地形的力量。初出现于第31话。
新种吸血魔兽/新吸血魔兽配音演员:黑田崇矢（日）被称为“月光之新种吸血魔兽”，为Vampire Land的统治者。拥有不死的能力。初出现于第33话。
扎米埃尔兽/扎米尔兽配音演员:矢尾一树（日）被称为“木精之扎米埃尔兽”，为Honey Land的统治者。因为吸食数码之蜜，令原本庞大的身躯变得很细小。初出现于第35话。
激流兽（スプラッシュモン，Splashmon）配音演员：绿川光（日）被称为“水虎之激流兽”，为Cyber Land的统治者。拥有变身能力，曾经变成萌萌兽、多路路兽、音音、大器诱骗大器等人，让彼此变得不信任，后来还是被大器一行人识破。可以制造出各式各样不同颜色的水精灵Drippin，其用途也不一样，是激流兽唯一信赖的部下。初出现于第38话。
奥列格兽/奥列兽配音演员：盐屋浩三（日）被称为“金贼之奥列格兽”，为Gold Land的统治者。可利用所喊出的口号“Gappo, Gappo, Viva Olegna”所产生的音阶能篡改数码兽体内的程式变成奥利格兽的部下。另外左肩、右肩各有一个宝箱，当宝箱打开时，便出现两位魔人苏尔特、尤尔姆冈特会助奥利格兽一臂之力。初出现于第40话。
重力兽被称为“土神之格拉比兽”，为Canyon Land的统治者。
阿波罗兽被称为“日轮之阿波罗兽”，为Bright Land的统治者。也是唯一一位拥有正义之心的死亡指挥官。后来被巴古拉兽和暗黑骑士兽植入邪恶程式，变成邪恶的死亡指挥官耳语者。
兵卒兽巴古拉帝国士兵，穿戴著防毒面具的不死型数码兽。特殊橡胶的身体中填入从夺自其他数码兽的能源而制造的人造数码兽。只会执行命令机械一般的数码兽，完全没有自发性的行动。基本是集团行动，真正的作战机器。初出现于第1话。
灾厄兽为爆风兽及莉莉丝兽手下。於第37话，因为要跟随爆风兽及莉莉丝兽，被指派加入Twilight，成为暗黑骑士兽的手下。初出现与第12话。
兵棋兽、马棋兽、车棋兽、相棋兽守卫在巴古拉大魔殿的巴古拉兽直属亲卫队。
迷幻兽→→阿斯塔兽配音演员：樱井孝宏
最上龙马的搭档数码兽。是一只爬虫型数码兽，与前几作的加布兽相似，但名称却大大不同。能超进化为阿斯塔兽。
薯仔兽配音演员：菊池心
德拉库兽→夜叉兽配音演员：岸尾大辅
初出现于第55话。户张莲的搭档数码兽。能把人心里阴暗的欲望表面化并加以操纵，并能吸收这种力量。能超进化为夜叉兽。进化后外形为夜叉模样，双手持有木刀，背后背著进化前主体的毛公仔。
无齿翼龙兽初出现于第67话。莲所持有的数码兽之一。一直以来主要用作搭乘工具。
小恶魔兽出现于76话，莲所捕获第100只数码兽。
其他曾于第58话向激展视。变色龙兽，海豚兽，死神兽，入侵者兽，蛇鸡兽，基米拉兽，天鹅兽，分子兽，麋鹿兽，毛人兽，蛇颈龙兽，大豆豆兽，数码蛋兽，猛鬼兽，亚伯兽，殿样怪蛙兽。
负鼠兽→猪八戒兽配音演员：白石凉子
初出现于第55话。洲崎爱琉的搭档数码兽。是一只兽型数码兽，能变出气球令其飞起。能超进化为猪八戒兽。进化后外形为穿著猪猪服饰的人型数码兽。
蜡烛兽初出现于第59话。爱琉所持有的数码兽之一。
寄生虫兽配音演员：飞田展男
初出现于第67话。爱琉所持有的数码兽之一。寄生於其他数码兽身上，可以提升宿主的能力。暴走时，爱琉也无能为力。
杜宾犬兽初出现于第62话。魔兽型数码兽。用敏捷身手捕获猎物的凶残数码兽。
金钱兽初出现于第62话。
机车兽※水树的数码兽※
异特龙兽、独角斑马兽、女巫兽第68话中参与捕猎活动的三位龙套猎人各自的数码兽。
各世界之数码兽详细参见Zone、Land。
时钟兽初出现於第55话。
晶界兽第三期最终Boss。于76话登场，在最终话时吞噬，把其地球上所有事物（也包括人）都变成了数据资料，最后被明石激打败。
（デジモンクロスローダー）数码兽的指挥官使用的携带机(相等于与前作的暴龙机)，能借由此机器让数码兽合体（Digi-Xros）。Xros Loader能够让多只数码兽居住，数码兽更可以在Xros Loader里治疗伤势。Xros Loader可以储存Code Crowns及使用Digi-Memory。除去天野悠目.前手上持有的，每一部Digimon
Xros
