菜鸟求助一个有机问题,关于冰水荧光淬灭原理

菜鸟求助,关于发帖机器人的问题_百度知道
菜鸟求助,关于发帖机器人的问题
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openAction-&setStatusTip(tr(&Open an existing file&quot,但是图片显示不出来,文件是这样的:&RCC&gt。手动添加了资源文件;:&#47, this. openAction = new QAction(QIcon(&qresource prefix=&/
openAction-&gt, tr(&quot:open);
openAction = new QAction(QIcon(&addAction(openAction):C2064;Main Window&))添加一个菜单和一个图标的程序:这行编译没问题;:/
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&lt:MainWindow(QWidget *parent) :
QMainWindow(parent) {
setWindowTitle(tr(&
QToolBar *toolBar = addToolBar(tr(&&File&quot, &MainWindow:;
QMenu *file = menuBar()-&addMenu(tr(&
QStatusBar *statusBar = statusBar() ;
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QMessageBfile alias=&doc-open&&document-open.png&));
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【求助】taqman探针的荧光基团和淬灭基团的问题
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这个帖子发布于3年零78天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
关于taqman探针的荧光基团和淬灭基团,我一直有以下疑问:<font style="color:#、为什么荧光基团标记在5端,淬灭基团标记在3端,能不能反过来?<font style="color:#、能不能两个集团标记的近一点,比如,荧光基团标记在5端,淬灭基团标记在中间dTNP上?期待高手指点。
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1.我觉的完全可以倒过来,但只要符合碱基替换就可以,外加修饰无非是OH键或NH键,如果2个报告基团是固定什么键替换,那就没办法倒了。如果是随意的,我觉的倒过来没关系的,但荧光基团被游离出来后才会发光,放在5‘端应该更容易被游离出来,当然了taqman的反应总共才几十bp,放3’端,应该也能切下来;2.这个有两个考虑,一个是,加了基团后,往往是无法再继续延伸了,参考SBS测序法,有荧光的反应就被终止了,然后荧光扫描,扫完,需要把这个基团切除,才能继续合成;当然也有可能有一些基团是可以继续合成的,比如dCTP,但这种基团的空间位阻很大,合成进去的效率很低,并且在合成这种修饰的oligo时,要么在5‘端,统一做一次修饰,要不合成完了,在3’端统一做修饰,你说在中间修饰,这个合成工艺难度是很大的。并且完全没必要在中间啊,总共也才20nt不到。3.如果你是服务商,可以做深入的研究,如果你只是普通使用者,关心这些问题,有点本末倒置了。你应该关心你的实验,这些原理了解一下就可以,没必要提一些不着边际的问题,这些对你的研究没有半点帮助。
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很感谢的回答,我这几天也查看了一些最初的技术专利和早期文献,这两个问题也清晰多了。我在小桔灯论坛上的答复是这样的:这两个问题很显然不是我们日常考虑到的问题,但是一定是方法建立时发明人考虑的问题,因此我特意的查询了相关专利和文献,也确实找到了一些蛛丝马迹,因此自问自答一次,希望给有同样疑惑的同仁们一些解答吧。第一个问题:我的理解是这样的,两个基团互换,原则上应该没有大的影响,但是我们采用的Taq酶是利用5-3外切酶,我们常见的思维是优先标记5端,这样优先被切割掉,有利于荧光信号的释放,早期的研发专利荧光基团和淬灭基团都标记在5端或近5端,如果查看专利US7205105等MGB相关专利的话,发现一度出现淬灭基团是标记在5端,荧光基团是标记在3端的探针。所以对于这个问题,不需要再深究了,就好比通往目的地有两条平行的路,我们选择了走其中一条,然后我们问为什么不走另一条路是一样的问题。第二个问题:这个问题可以参考两篇文献:《Oligonucleotides with fluorescent dyes at opposite ends provide a quenched probe system useful for detecting PCR product and nucleic acid hybridization》、《Design and Synthesis of Fluorescence Energy Transfer Dye-Labeled Primers and Their Application for DNA Sequencing and Analysis》,在第一篇文献中,作者研究了淬灭基团在不同位置对结果的影响,研究发现,标记在3端末端信号与标记在中间7-27等位置几乎没有显著差异,作者认为没有差异的原因是单链探针的结构的柔韧性(flexibility),所以双标记探针标记在两个顶端最好方案,第二篇文献,作者研究了淬灭基团分别标记在距荧光基团1、2、3、4、10碱基的位置,研究发现距离10个碱基位置效果最佳。目前供应商也提供标记在中间的服务,价格较贵一点点儿,工艺上也困难一点,因此普遍采用的是目前的做法。
还是很感谢您的回答,您的答案从合成工艺角度出发也确实是我知识结构中的欠缺点。我不认为关注这些问题是本末倒置,我让为是知其然要知其所以然,这样在设计相关引物和探针的时候才能更好地把握原则性,有时候也能知道问题到底出在了什么地方,你说对不对?
我考虑这两个问题有一段时间了,最初采取网上搜索,几乎没有答案,之后在论坛上发帖子,最初发在我自己管辖的论坛小桔灯上,结果十几天没有回复,我有挂在小木虫和丁香园上,这才有了您的回复,在此同时我花了3天时间查询相关专利和文献,终于在最初的研究中找到了答案!我想我这种做法是对的,我对这个方法(Taqman、分子信标以及其他的相关方法)有了更深刻的理解,只有理解了前人的做法,我想我们才能在他们基础上进行改进,不然我们还迷失在他们的研究中,你是不是还觉得没有半点帮助吗?在此感谢您的答复,让我们积极交流解决问题。祝好
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