NMDS）是一种简介的梯度分析方法，也是基于距离或者相异性矩阵与其它主要用于最大化变异和一致性的方法不一样，NMDS是一种排序方法这对于距离缺失的数据有优势，呮要先办法确定对象之间的位置关系便可以进行NMDS分析。NMDS的计算过程会以代码的形式贴在下方供大家参考

NMDS与PCoA一样，NMDS可以基于任何类型距離、相异性矩阵对象（样方）进行排序当然也可以是原始数据矩阵。这里我用的是weighted unifrac距离矩阵数据

NMDS排序分析可以通过生态学分析R包vegan中的metaMDS()函數实现因为输入metaNMDS()的数据可以是原始数据矩阵，也可以是距离矩阵这里拿上面列举的数据做示范。