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在设置分支机構时有三个因素应当综合考虑：
首先是分支机构的盈亏情况当总司盈利，新设置的分支机构可能出现亏损时应当选择总分司模式。根據税法规定分司是非独立纳税人，其亏损可以由总司的利润弥补；如果设立子司子司是独立纳税人，其亏损只能由以后年度实现的利潤弥补且母司不能弥补子司的亏损，也不得冲减对子司投资的投资成本
当总机构亏损，新设置的分支机构可能盈利时应当选择母子司模式；子司不需要承担母司的亏损，可以自我积累资金求得发展母司可以把其效益好的资产转移给子司，把不良资产处理掉
其次是享受税收优惠的情况，按照税法规定当总机构享受税收优惠而分支机构不享受优惠时，可以选择总分司模式使分支机构也享受税收优惠待遇。如果分司所在地有税收优惠政策则当分司开始盈利后，可以变更注册分司为子司享受当地的税收优惠政策，这样会收到较好嘚纳税效果
再次是分支机构的利润分配形式及风险责任问题，分支机构由于不具有独立法人资格所以不利于进行独立的利润分配。同時分支机构如果有风险及相关法律责任，可能会牵连到总司而子司则没有这种担忧。
实践中当企业设立分支机构时，由于设立初期汾支机构面临高昂的成本支出所以亏损的概率较高，通常采用分司的形式较为合适可以享受和总部收益盈亏互抵的好处。经过两三年嘚经营期间分司开始转亏为盈时，再把分司变更注册为子司这样可以降低分支机构对总机构的法律影响。
关于总机构上市喃总机构現在已经是新三板，要转IPO
