ABIpacbio测序仪仪如何主板升级,有谁会做的?

  这不是PacBio第一次发布拟南芥的數据集三年前,他们发布了PacBio RS II的拟南芥组装结果利用的是P4-C2试剂和85个SMRT Cell,运行时间高达255个小时四个月后,他们利用改进的P5-C3试剂发布第二版嘚数据集将SMRT Cell数量减少到46个,而时间也缩短至138小时

  在PacBio博客上,他们简单介绍了一下整个过程纯化的拟南芥基因组DNA被剪切成32 kb左右,の后转换成SMRTbell模板然后在BluePippin系统(Sage Science)上开展20 kb的大小选择。每个SMRT Cell上样144 pM浓度的文库并利用改进后的试剂在Sequel系统上运行6个小时。总的来说两个SMRT Cell產生了10.8 Gb的数据,包含在110万条序列中其中一半的序列长度超过16,400 bp。

  PacBio表示最新的试剂改进使得DNA需求量大大减少。在这之前在Sequel系统上运荇多个大型基因组计划所需的DNA往往令人望而却步。如今试剂改进之后,上样浓度与PacBio RS II相当

  与三年前首次发布的数据相比,拟南芥的基因组组装虽然不是开创性的但是各方面都有了改进。这种模式生物的数据集表明有了最新的改进,Sequel系统能够让复杂真核生物的高质量组装变得常规据介绍,这种试剂正在测试中将在测试完成后提供。

  Sequel系统于2015年年底上市它仍然采用PacBio经典的SMRT技术,但体积和重量僅为PacBio RS II系统的1/3左右价格也降了不少。同时它的pacbio测序仪通量也提高7倍,让pacbio测序仪速度更快价格更便宜

我要回帖

更多关于 pacbio测序仪 的文章

 

随机推荐