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离子图和质谱图有什么区别（气象色谱跑出来的那个图和经过质谱的图怎么区别）有一张图横坐标是时间纵坐标数值只到2.0
如果是气象的图峰值应该不会那么小吧
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离子图会成峰,质谱图只有一条条竖线!
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我也是初学者，看看
扫描下载二维码质谱测试报告说明
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|个人分类:|系统分类:|关键词:测试 color style 如何
& &一、报告标题（Analysis Information）1 Report Type:说明样品是Gel based模式（2D胶）或LC based（LC-MS），可不用深究。2 Analysis Type:说明分析类型，有三种：MS(仅分析一级肽指纹质量)；MS/MS（仅分析所有二级肽碎片质量）；Combined MS+MS/MS（一级肽指纹质量与二级肽碎片质量综合分析）,一般来说，2D胶或PAGE胶来源的样品使用Combined MS+MS/MS，LC分离肽段的Shotgun proteomics策略则为MS/MS。分析类型在论文中要加上。3 Sample set name: 没意义，可不看。4 Database: 搜库使用的数据库（截图中是NCBInr），在撰写论文时要说明使用的数据库名称。5 Analysis Name、Creation Date、Reported By、Last Modified等其他信息: 没意义，可不看。&二、报告正文表头（灰色阴影部分）1 Gel idx/pos：指质谱靶的顺序编号（数字）和坐标位置（字母＋数字），说明你的样品在质谱靶上的位置信息，一般测试结束会拿到《测试报告》，测试报告表将样品编号和靶点编号已经填写对应，请注意核对。2 Instr./Gel Origin：仪器编号和spot set名称，没意义，可不看。3 Process Status、Plate name、Instrument Sample name、spectra:没实际意义，可不看。三、鉴定信息说明（灰色阴影表头以下部分，重要！）灰色阴影表头下有一排加粗的标题，例如Rank,protein name等，这时鉴定结果的标题，具体说明如下：1 Rank：在Rank目录下可看到1、2、3、4等编号，需要说明的是，质谱鉴定是通过相似性比对得到蛋白质信息的，数字代表的是这种相似性的先后排序。（至于如何判断哪一个是目标蛋白，后面会说到）2 Protein Name: 蛋白质名称，一般会在名称后带上物种分类名称（拉丁字符）3 Accession No. 上述蛋白质对应数据库的登录号，可在NCBI网站上输入该号查找蛋白质或基因完整序列（同理，如过搜库使用的是Uniprot数据库，则在Swiss-prot上查找）。如使用自建数据库，请用Windows自带的写字板打开FASTA格式的数据库，查找蛋白质序列。4 Protein MW:该蛋白质的理论分子量（一般根据氨基酸序列计算，注意，这里是理论分子量，有可能与真实相差很大！）5 Protein PI:该蛋白质的理论等电点（同上，属于理论值，同你的2D胶图上点的位置可能偏差十万八千里！）6 Pep Count:质谱打出的所有肽段质量中，能与上述蛋白质的肽段中匹配的数量，这个值体现了肽段的覆盖率（当然越高越好！）这里说明一下搜库的原理。一般我们使用胰蛋白酶酶解蛋白质（切赖氨酸位点），在搜库时，电脑会对数据库中的所有蛋白质序列进行一次胰蛋白酶的理论酶解，得到海量的酶解肽段（理论上的），将质谱数据与这些理论值比对，达到鉴定蛋白质的目的。7 Protein score、Protein Score CI%：这两个数值是最重要的数据！一般来说，Score大于60，CI%大于95被认为是成功鉴定的阈值。在MASCOT算法中，它们代表的意思是得分值和得到这个分值的统计学可靠程度（CI），解释起来比较复杂，但记住60和95这两个值就行了。特殊情况下，会出现得分和置信度低于上述值得情况，如果低得不多也可认为鉴定成功，如果低得多就不靠谱了！至于如何判断多少，自己结合研究背景琢磨吧。8 Total ion score、Total ion CI%:在Shotgun proteomics策略中分析所有MS/MS离子得分和置信度，意义不大，可不用理会。9 protein group：有些报告中会出现，特别是鉴定得到得蛋白质是unname，说明该蛋白质属于某一个蛋白质家族之类的意思，有一定的参考意义。10 Peptide information: Calc Mass(理论值)；Obsrv. Mass(观测值，质谱采集到的真实值)；＋Da（理论值和观测值的偏差）；＋ppm（百万分之偏差率）；Start Seq/End Seq(起始序列位置和结束序列位置)；Sequence(完全匹配上的肽段序列)；Ion Score/CI%(该肽段的相对于整个蛋白质的得分和置信度，特别低的得分会隐藏，可不看)；Modification(修饰，非常重要，需要检测蛋白质修饰的情况必须看位点修饰情况，一般我们设置可变修饰类型为糖基化、氧化、磷酸化等)11 最后说明，一个位点会对应多个Rank，多个Rank的得分都超过阈值（60，95％），怎么判断呢？A，首先考虑这几个Rank的蛋白质是否为同源蛋白质？（一般2DE胶扣的是单个点，可考虑是同源蛋白质）；B，如果属于非同源蛋白质，那说明样品是混合物（一般PAGE胶分离经常出现这种现象），只要得分超过阈值，可认为是多种蛋白质混合未能完全分开。
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关于一片分析化学的文献,质谱图和色谱图看不懂.急!拜托高手给我解释一下这两张图,是一篇Liquid chromatography with tandem mass spectrometry for thesimultaneous determination of baicalein, baicalin,oroxylin A and wogonin in rat plasma的文献中的.情况紧急,明天就要上台去讲了.可是真的看不懂啊!旁边的英文是关于这两张图的解释.万分感谢!
终极至尊TAc59f
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大致看了下,是说 用LC-MS/MS对小鼠血浆中5个成分（成分名称请自己查）的结构进行分析.没有看到全文,我估计文章是说定量分析那5个成分的方法的.先是用ESI分析,得到5个成分的质子化分子离子峰,但是正离子检测模式下其中4个成分得不到特征碎片和加合离子峰,还有一个成分得到的是脱葡萄糖醛酸后的碎片.Fig2 是几个成分MS/MS的质谱图,图上可以看到质子化分子离子峰和脱去某基团后的碎片离子峰（具体基团自己看）.注意几个分析条件（collision 能量）是不同的.这个分析过程用了MRM检测模式,MRM有较高的选择性和灵敏度,在MRM transition里选取了4对特征离子（具体自己看）.5个化合物中有两个互为同分异构体,ESI得到的质子化分子离子峰是一样的,所以色谱分离就起到了重要作用.Fig3上是 在Atlantis C18柱上用等度流动相分别分析空白血浆样和加入不同浓度5个成分的样品的MRM（离子）色谱分析结果.5个成分的出峰时间分别是.（略） 实验选用了30种（个）血浆空白样本,结果表明5个化合物的保留时间没有受到影响（详见Fig.3a）,从而证明了该分析方法的高选择性.实验中未发现样品残留效应.以上是基本意思,细节方面就靠你自己补充、完善了.
太感谢了！！！真的是我的救命恩人！！但是我想冒昧的再问一下。。fig2是为了把那五个样品分离并检测出来吗？还有fog3要怎么看那张图？为什么要用不同浓度的做两次？那些峰又代表什么呢？不好意思啊我就是不太会解释那些图。。
我的理解，文章要研究的就是血浆里5种化合物用LC-MS/MS做定量分析。fig2算是5个化合物标样的质谱结果，应该不是分离出来的， 为的是得到二级质谱图，以便与之后的样品做对比。样品其实是加在血浆基质内的不同浓度的5个化合物。fig3看到的色谱图其实是MRM得到的离子色谱图，横坐标是时间，纵坐标是碎片离子的强度，质谱分析上经常用到离子色谱图，选择性、灵敏度都比较高。你可以把它就当作色谱图来看。你不会看不懂色谱图吧？
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&&急急！！！懂质谱分析的麻烦进来交流一下，谢谢各位虫友，在线交流。
急急！！！懂质谱分析的麻烦进来交流一下，谢谢各位虫友，在线交流。
本人是质谱小白，最近做了一点HPLC-MS检测。
现在发现几个主要问题：1。 用标准样品去做MS，得出来的分子离子碎片跟文献报道不一样，而且得出来的分子离子丰度很低，请问这是为什么呢？
& && && && && && && && && && && &2。 我顺便也跑了一些样品，发现DAD的最大检测波长和MS做出来的分子量和文献报道的一样，但是分子离子碎片很不吻合，请问这样的数据能用吗？
& && && && && && && && && && && &3。我在分析样品MS图的时候发现，丰度最大的分子离子碎片对应的分子量是我想要的分子量，但是很多后面还有很多小峰，请问我分析的时候，可以把后面小峰去掉吗？就用前面那个丰度最高的作为这个物质的分子量，请问可以吗？
麻烦各位虫友，谢谢各位
有的，我现在上传一下。这种物质是：如果我选择271，这种物质就是Naringenin，但是Naringernin 还有一个分子离子碎片：151。但是我这个确没有。
后面这个311和451可以省略忽略吗？
另外这个物质可能就是naringenin，我做了DAD检测，紫外吸收谱跟标杨一模一样。既然这样，为什么后面会有那个311和451的吸收峰？
图看不太清楚。只找你需要的峰，其它不用管。
你的纵坐标是给归一化了吗？看271很强，151并非没有，也可能是纵坐标压的太低了，你把坐标轴放大一点，151也许就看到了。
311前面还有一个，可能是+23Na峰，一般加Na, 加NH4都有；
451是否是这个峰的结合物？少了180，葡萄糖？
还有后面的540以上的，需要放大才能看清。
总之，质谱出来的数据，不能随意舍弃，要么是基质中来的，要么是标准品的问题，不能只要自己想要的。要分析，
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